About the exam
General information It will be (partial) multiple-choice test. Around 3-4 open questions. Around 20 close questions (all the material). One page of formulas. Calculators. You can write explanations near each close question.
Example 1 An HMM and an observed sequence : HTHT What is the most probable path of hidden states ? (probably we will give you part of the information needed for viterbi) 0.9 fair loaded H T 0.1 1/2 1/4 3/4 Start
Examples – questions for the exam Example 2: find the hierarchical clustering when the cluster similarity is MAX for the similarity matrix below.
Examples – questions for the exam האלגוריתם של Needleman Wunsch לחישוב global alignment: הנח את ה'מחירים' הבאים: match = 1 mismatch = -1 indel = -1.5. יש לבצע alignment של הסדרות הבאות. AGCT ATGTT מהו הציון של ה alignment? (נא הסבר את חישוביך)
Examples – questions for the exam Example 3: What is true about introns: 1. They are part of a gene. 2. They do not code amino acids. 3. Many times they includes regulatory signals. 4. They are 24% of the human genome. 5. Only1. and 2. are true. 6. Only 1,2,4 are true. 7. 1-4 are right. 7. 1-4
Examples – questions for the exam Example 3: What is true about introns: 1. They are part of a gene. 2. They do not code amino acids. 3. Many times they includes regulatory signals. 4. They are 24% of the human genome. 5. Only1. and 2. are true. 6. Only 1,2,4 are true. 7. 1-4 are right. 7. 1-4
Examples – questions for the exam Example 4: What is true about Gene Ontology (GO)? It has an hierarchical structure. It can be always represented as a tree. It is a useful tool for characterizing a set of genes. There are 3 ontologies. Only 1,3,4 are true. Only 1,2,4 are true. 1-4 are true. 7. 1-4
Examples – questions for the exam Example 4: What is true about Gene Ontology (GO)? It has an hierarchical structure. It can be always represented as a tree. It is a useful tool for characterizing a set of genes. There are 3 ontologies. Only 1,3,4 are true. Only 1,2,4 are true. 1-4 are true. 7. 1-4
Examples – questions for the exam Example 5: What is the maximal number of hits that a query can accept in a blast running ? 1 2 4 More than 4
Examples – questions for the exam Example 5: What is the maximal number of hits that a query can accept in a blast running ? 1 2 4 More than 4
Examples – questions for the exam נתון עץ פרסימוני עם משקלות על הקשתות. מהו הציון המתקבל עבור ההשמה האופטימאלית לצמתים הפנימיים של העץ הנתון ? א.inf ב. 15 ג. 3.5 ד. 3 ה. 1 ו. 4 ז. אף תשובה לא נכונה 3.5
Examples – questions for the exam נתון עץ פרסימוני עם משקלות על הקשתות. מהו הציון המתקבל עבור ההשמה האופטימאלית לצמתים הפנימיים של העץ הנתון ? א.inf ב. 15 ג. 3.5 ד. 3 ה. 1 ו. 4 ז. אף תשובה לא נכונה 3.5
Examples – questions for the exam נתון HMM ווקטור של תצפיות רוצים לחשב את וקטור המצבים הכי סביר בהינתן X . מה תמיד נכון ? א. ניתן לחשב את S עלי ידי אלגוריתם ויטרבי. ב. ניתן להשתמש באלגוריתם backward/forwards ולקבל לכל i את ולהחזיר את כל ה המתקבלים. ג. ניתן להריץ את א. וכן את ב. ולהחזיר את התוצאה היותר גבוהה. ד. א, ב, ג נכונים. ה. אף תשובה לא נכונה.
Examples – questions for the exam נתון HMM ווקטור של תצפיות רוצים לחשב את וקטור המצבים הכי סביר בהינתן X . מה תמיד נכון ? א. ניתן לחשב את S עלי ידי אלגוריתם ויטרבי. ב. ניתן להשתמש באלגוריתם backward/forwards ולקבל לכל i את ולהחזיר את כל ה המתקבלים. ג. ניתן להריץ את א. וכן את ב. ולהחזיר את התוצאה היותר גבוהה. ד. א, ב, ג נכונים. ה. אף תשובה לא נכונה.
Examples – questions for the exam בהקשר של ביטוי גנים ?BICLUSTER מה ההגדרה של א. קבוצה של גנים עם פטרן ביטוי גנים דומה. ב. קבוצה של תנאים עבורם רמות הביטוי של הגנים דומות. ג. קבוצת גנים וקבוצת תנאים: רמות הביטוי של הגנים דומות (מתנהגות דומה) עבור קבוצת התנאים. ד. עץ המתאר את הדמיון בין הגנים. ה. אף תשובה לא נכונה.
Examples – questions for the exam בהקשר של ביטוי גנים ?BICLUSTER מה ההגדרה של א. קבוצה של גנים עם פטרן ביטוי גנים דומה. ב. קבוצה של תנאים עבורם רמות הביטוי של הגנים דומות. ג. קבוצת גנים וקבוצת תנאים: רמות הביטוי של הגנים דומות (מתנהגות דומה) עבור קבוצת התנאים. ד. עץ המתאר את הדמיון בין הגנים. ה. אף תשובה לא נכונה.
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam
Examples – questions for the exam